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Allen Institute for Cell Science, otra iniciativa de base celular a seguir

Hablábamos de Human Cell Atlas y su iniciativa de tipificar las células humanas y en esta orientación hacia las células  hay que nombrar otra iniciativa tan interesante como aquella: Allen  Institute for Cell Science, que el próximo día 8 de diciembre de 2018 cumplirá 4 años y fue puesta en marcha por Paul Allen, empresario - creador con Bill Gates de Microsoft - y de otras muchas empresas, filántropo prolífico que  falleció el pasado 15 de octubre de 2018.
Dicen ellos:
Our MissionThe mission of the Allen Institute for Cell Science is to create dynamic and multi-scale visual models of cell organization, dynamics and activities that capture experimental observation, theory and prediction to understand and predict cellular behavior in its normal, regenerative, and pathological contexts.
También dicen:
Launched with a contribution from Paul G. Allen in 2014, the Allen Institute for Cell Science will serve as a catalyzing force to integrate diverse technologies and approaches at a large scale in order to study the cell as an integrated system: something that traditional academic labs cannot do. Our inaugural project, the Allen Cell Explorer, will be a novel visual, dynamic, predictive model of the cell that will accelerate cell biology and biomedical research.
Dijeron en Nature sobre la iniciativa cuando se puso en marcha:
The Allen Institute for Cell Science, was launched on 8 December, will be modelled on the Microsoft co-founder’s Allen Institute for Brain Science in Seattle, Washington, which since 2003 has spent hundreds of millions of dollars creating a series of ‘brain atlases’ that have become go-to portals for neuroscientists interested in where particular genes are active or how distant neurons communicate.
Lo que están haciendo es:  a partir de la línea de iPSC denominada WTC (wild type C) producir lineas celulares con estructuras subcelulares etiquetadas con fluoresceína (FP). En cada estructura ( ver listado abajo en tabla) identifican una proteína cuyo gen codificador etiquetan con fluoresceína y ello llevará a proteinas con fluorescencia que permite ver el comportamiento de la estructura.
Before initiating our editing efforts, we engaged the cell biology community to identify proteins that localize to key subcellular structures and are not known to disrupt the organization, dynamics, or function of the labeled protein/cellular structure upon tagging.


Tienen 30 líneas celulares a día de hoy, en Cell Catalog  y seis más en elaboración, de las que presentan información fotográfica de las células con las fluorescencia, tanto estática como vídeos.
Es de destacar la voluntad de total transparencia pues describen sus métodos con abundante documentación, de como hacen en cada una de las fases del proceso, porque el objetivo de open source, de poner al servicio de la comunidad científica toda la información que se genere, preside el proyecto.
Las lineas celulares generadas están a la venta con diferente precio para la industria y la academia.
En la tabla inferior los identificadores de Cell Line ID Protein, Gene Name (gene symbol), Tagged alleles, Structure, Fluorescent Tag, Tag Location y Parental Line, ordenados por Structure


Cell Line ID Protein Gene Name (gene symbol) Tagged alleles Structure Fluorescent Tag Tag Location Parental Line
16 Beta actin Actin beta(ACTB) mono Actin filaments mEGFP N-terminus WTC
24 Non-muscle myosin heavy chain IIB Myosin heavy chain 10(MYH10) mono Actomyosin bundles mEGFP N-terminus WTC
58 Beta catenin Catenin beta 1(CTNNB1) mono Adherens junctions mEGFP N-terminus WTC
30 LC3 Microtubule associated protein 1 light chain 3 beta(MAP1LC3B) mono Autophagosomes mEGFP N-terminus WTC
32 Centrin-2 Centrin 2(CETN2) mono Centrosome mTagRFP-T N-terminus WTC
36 NA Safe harbor locus(AAVS1) mono Cytoplasm mEGFP NA WTC
17 Desmoplakin Desmoplakin(DSP) mono Desmosomes mEGFP C-terminus WTC
10 Sec61 beta Sec61 translocon beta subunit(SEC61B) mono Endoplasmic reticulum mEGFP N-terminus WTC
40 Ras-related protein Rab-5A RAB5A, member RAS oncogene family(RAB5A) mono Endosomes mEGFP N-terminus WTC
40 Ras-related protein Rab-5A RAB5A, member RAS oncogene family(RAB5A) bi Endosomes mEGFP N-terminus WTC
53 Connexin-43 Gap junction protein alpha 1(GJA1) mono Gap junction mEGFP C-terminus WTC
25 Sialyltransferase 1 ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1(ST6GAL1) mono Golgi mEGFP C-terminus WTC
25 Sialyltransferase 1 ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1(ST6GAL1) bi Golgi mEGFP C-terminus WTC
61 Histone H2B type 1-J New Histone cluster 1 H2B family member j(HIST1H2BJ) mono Histones mEGFP C-terminus WTC
22 LAMP-1 Lysosomal associated membrane protein 1(LAMP1) mono Lysosome mEGFP C-terminus WTC
05 Paxillin Paxillin(PXN) mono Matrix adhesions EGFP C-terminus WTC
12 Alpha tubulin Tubulin-alpha 1b(TUBA1B) mono Microtubules mEGFP N-terminus WTC
31 Alpha tubulin Tubulin-alpha 1b(TUBA1B) mono Microtubules mTagRFP-T N-terminus WTC
11 TOM20 Translocase of outer mitochondrial membrane 20(TOMM20) mono Mitochondria mEGFP C-terminus WTC
13 Nuclear lamin B1 Lamin B1(LMNB1) mono Nuclear envelope mEGFP N-terminus WTC
69 Nucleoporin Nup153 New Nucleoporin 153(NUP153) mono Nuclear pores mEGFP N-terminus WTC
14 Fibrillarin Fibrillarin(FBL) mono Nucleolus (Dense Fibrillar Component) mEGFP C-terminus WTC
57 Nucleophosmin Nucleophosmin 1(NPM1) mono Nucleolus (Granular Component) mEGFP C-terminus WTC
33 Peroxisomal membrane protein PMP34 Solute carrier family 25 member 17(SLC25A17) mono Peroxisomes mEGFP C-terminus WTC
54 NA Safe harbor locus(AAVS1) mono Plasma membrane mTagRFPT-CAAX NA WTC
48 Titin New Titin(TTN) mono Sarcomere (M-line tag) mEGFP C-terminus WTC
52 MLC-2a New Myosin light chain 7(MYL7) mono Sarcomeric thick filaments mEGFP C-terminus WTC
60 MLC-2v New Myosin light chain 2(MYL2) mono Sarcomeric thick filaments mEGFP C-terminus WTC
37 Troponin I, slow skeletal muscle Troponin I1, slow skeletal type(TNNI1) mono Sarcomeric thin filament mEGFP C-terminus WTC
46 SERCA2 New ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2(ATP2A2) mono Sarcoplasmic Reticulum/Endoplasmic Reticulum mEGFP N-terminus WTC
23 Tight junction protein ZO1 Tight junction protein 1(TJP1) mono Tight junctions mEGFP N-terminus WTC


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