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Human Cell Atlas: otra tarea colosal

2/11/18
He estado varios días mareando a amigos para poder ver alguno de los ficheros que nombro más abajo. Finalmente en este enlace http://staging.data.humancellatlas.org   se puede acceder a muchos ficheros con información de genotipados y secuenciaciones. Una de las presentaciones del congreso de Harvard me ha dado el dato.

22/10/18
Como el Proyecto Genoma Humano (HGP) que necesitó de mucho tiempo, de mucho esfuerzo y , como no de mucho dinero para obtener el primer genoma humano, se está comenzando a perfilar otra iniciativa de dimensiones colosales: el Human Cell Atlas, un atlas que permita identificar los "tipos celulares" y su ubicación en el cuerpo humano. Aquí su Libro blanco .
No dan una definición de "tipo celular" porque del mismo modo que el concepto de gen no estaba claro al principio del HGP entienden que no está claro el concepto de tipo celular. También manejan el concepto de estadio celular.
Participantes
Desarrollan esta iniciativa, de momento y están pendientes de incorporar a más participantes,  hasta 50 instituciones firmantes en Science Forum: The Human Cell Atlas , un documento que la  presenta. Nos hemos entretenido en ver de qué paises son y éste es el resultado:
United States  21
United Kingdom  10
The Netherlands  5
Switzerland  2
Sweden  2
South Africa  1
Japan  1
Israel  1
India  1
Germany  5
Denmark  1
Financiación
Extraigo unos párrafos del Libro Blanco (pag 84-85)
-Government support
NIH Common Fund, the NIH BRAIN Initiative, the National Cancer Institute, including the Cancer Moonshot, and institutes related to individual organs (e.g., the National Institute of Allergy and Infectious Diseases for the immune system and the National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases for the kidney).  Importantly, early grants have already been awarded by the NIH through pre-existing mechanisms for research in several tissues, in both human (e.g., colon) and mouse (e.g., through the BRAIN initiative); additional applications are pending. The NIH HubMAP program and the NCI Cancer Moonshot (through the Tumor Cell Atlas Network program) are important and engaged partners in the HCA. Other national and international agencies also have mechanisms to support research leading to the construction of the HCA, and several have expressed interest.These include the European Union through its H2020 funding mechanism and the GermanFederal Ministry of Education and Research, as well as the Japanese, Australian, and Indian governments.

-Philanthropy.
 The HCA has benefitted from generous support of a number of philanthropic foundations that support science. The planning process — especially the scientific meetings and workshops that kick-started HCA — has been funded by both individual philanthropists and by foundations including (in chronological order) by an anonymous donor (U.S.), the Wellcome Trust (U.K.), the Chan Zuckerberg Initiative (U.S.), the Kavli Foundation (U.S.), and the Helmsley Charitable Trust (U.S.). 

-Partnering with technology and pharmaceutical companies

Resultados
En este enlace ponen a disposición de la comunidad científica tres ficheros referentes al transcriptoma célula a célula (scRNA seq) de 500.000 células de médula ósea y cordón umbilical, 2000 células de bazo, y de 6369 células  CD45+ y CD45- aisladas de un tumor y nódulos linfoides de un ratón modelo de melanoma.
Congreso
Los próximos días 1 y 2 de noviembre van a celebrar el HCA GENERAL MEETING , un congreso que se podrá seguir mediante streaming

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Vericel Corp.CLEVECORD (HPC Cord Blood)
Cleveland Cord Blood CenterGINTUIT (Allogeneic Cultured Keratinocytes and Fibroblasts in Bovine Collagen)
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