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Notas sobre el brote por Covid-19 (1)

14/3/20

Sobre Reino Unido

El 12 de marzo de 2020 el Gobierno del Reino Unido anuncia

"COVID-19: government announces moving out of contain phase and into delay"
Disponen que los que tengan síntomas que se auto-aislen una semana y si empeoran que contacten con el NHS. No proponen ningún tipo de medida más que lavarse con frecuencia las manos.
Buscando más información sobre la estrategia seguida por el Gobierno británico, veo en Responsible Response: Examining the UK Government’s COVID-19 Strategy, un artículo de Kalipso Chalkidou que contiene interesantes reflexiones abogando porque el Gobierno publique los modelos y datos en que basa sus decisiones.
Por su parte Richard Horton editor en jefe de The Lancet  está embarcado en una iniciativa para que el gobierno explique los modelos en que basa su decisión de no contener
A su parte Matt Hancock, Secretary of State for Health & Social Care, dice que sus decisiones están fundamentadas en evidencias, pero no publican los modelos.
Chris Whitty chief medical officer for England, dice 
Epidemic modelling predicts that the health system will face 50% of all covid-19 cases over a three week period and 90% of cases over a nine week period, when “the NHS could have a huge pressure on it.

De entrada, me parecía que UK por ser una isla, podría tener más fácil la contención, pero de momento entiende el Gobierno que no toca y dicen que su decisión se basa en los modelos de enfermedad y la adoptarán más adelante si procede. Un compañero de trabajo plantea que no podemos saber qué hubiera pasado en Wuhan si no se hubieran adoptado las medidas de contención tan importantes que ha adoptado el gobierno chino. Seguiremos sin saber que hubiera pasado en Wuhan-Hubei, pero veremos qué pasa en GB si no contienen. UK está en 120 casos por día, veremos en una semana sin contención en cuantos se sitúan.

13/3/20

20h

Datos de España. Estamos en claro incremento de casos





19h
Actualizamos datos de Italia, que lleva tres días con un número de casos en torno a 2.000:

Día casos nuevos  T1/T0
11/03/20 2076 3,92
12/03/20 2249 1,08
13/03/20 2116 0,94

El día 11 el Índice T1/T0 es muy alto, de casi 4, pero los otros dos días está alrededor de 1.





11/3/20


La situación en España se puede ver de modo sintético, ya que son varias CCAA las que concentran el mayor número de casos, con la gráfica que adjuntamos. Los datos se han obtenido de los informes del CENTRO DE COORDINACIÓN DE ALERTAS Y EMERGENCIAS SANITARIAS (CCAES)

Se presenta casos por día, casos acumulados e índice de casos del día T1 dividido por los casos del día anterior (T0)




1/3/20
En la web de Proteccione Civile de Italia se publica diariamente los casos nuevos confirmados y con ellos construyo la siguiente gráfica, similar a la del día 26/2/20 aunque sin los acumulados porque, siendo importantes, no dejan ver la evolución diaria del brote.
El índice T2/T1 sube a 3,21 el día 27, porque los casos se triplican, pasan de 78 a 250, pero vuelve a 1 porque se mantienen en el rango de 250 los dos días siguientes.



26/2/20
Dado que en China va bien el brote con unos números bajos, de alrededor de 400 casos por día, y la atención está en Italia presento una gráfica con datos obtenidos en la web del Ministerio de Salud de Italia





22/2/20
Ahora que parece que China contiene el brote, es Italia quien decide tomar medidas drásticas de ordenar el confinamiento de un número importante de personas en sus domicilios a través de un comunicado del Ministerio de Salud de Italia

Covid-19: “Permanenza domiciliare per chi rientra dalla Cina”
Comunicato n. 87
Data del comunicato 21 febbraio 2020

In merito all’Ordinanza firmata oggi dal ministro della Salute si precisa che per tutti gli individui che, negli ultimi quattordici giorni, abbiano fatto ingresso in Italia dopo aver soggiornato nelle aree della Cina interessate dall’epidemia, come identificate dall’Organizzazione Mondiale della Sanità:

-        l’Autorità sanitaria territorialmente competente provvederà all’adozione della misura della permanenza domiciliare fiduciaria con sorveglianza attiva ovvero, in presenza di condizioni ostative, di misure alternative di efficacia equivalente.

-        vige l’obbligo di comunicare al Dipartimento di prevenzione dell’azienda sanitaria territorialmente competente di aver soggiornato nelle aree suddette.

Il mancato rispetto delle misure previste costituirà una violazione dell’Ordinanza.   


Data di pubblicazione: 21 febbraio 2020 , ultimo aggiornamento 21 febbraio 2020

En la ciudad de Codogno, en  Lombardia, y en Padua en el Veneto, ambas de Italia, hay varios casos de afectados por infecciones del Covid-2019. Hay dos muertos y ¿50.000 personas confinadas en sus domicilios.


19/2/20

Actualización y cambio de tipo de gráfica

Dice el Ministerio de Salud de China que los casos nuevos confirmados del día 18 de febrero de 2020 son 1749, de lo que se deriva un índice de crecimiento de 0,93. Hemos cambiado el tipo de gráfico porque nos permite ver mejor los datos de las dos series, casos nuevos confirmados e índice de crecimiento.





18/2/20
Actualización gráfica y datos

Dice el Ministerio de Salud Chino que el día 17 de febrero de 2020 han tenido 1880 nuevos casos confirmados, lo que da un índice de crecimiento de 0,92


17/2/90

Desde el día 12 de febrero de 2020, tras al cambio de criterio en la definición de caso confirmado,  el Ministerio de Salud Chino publica da día dos valores de casos acumulados. Seguiremos construyendo la serie de casos confirmados por día con el que presenta mayor número de casos.

Se presenta los datos hasta el día 16 de febrero de 2020 y en la gráfica puede verse un enorme pico hemos truncado para poder ver el detalle de los datos de casos confirmados por día y del índice de incremento. Podemos ver siguen en el rango de los habidos en los días anteriores: el día 14 con 2641 casos y  0,65 de índice ; el 15 con 2008 casos y 0,76, y el día 16 con 2048 casos y 1,02 de indice de crecimiento.

Hay que mencionar que el incremento de casos del día  12 de febrero, parece un conjunto de casos acumulados, por lo que la reflexión de que podría deber de multiplicarse por 8 el número de casos para obtener el total de los casos confirmados hecha en este blog el pasado día 13 de febrero, no sería correcta, como vienen indicando los casos de los tres días arriba mencionados, aunque los datos correspondan a funde semana. Los próximos días iremos viendo.

Seguimos a la expectativa del resultado de la vuelta al trabajo sobre el número de casos.

13/2/20

El Ministerio de Salud de China ha cambiado la definición de caso, de modo que no se requiere la determinación analítica con PCR para calificarlo como caso confirmado, siendo suficiente la existencia de sintomas clínicos. Con ello, se produce un gran incremento en el número de personas que cumplen el nuevo criterio. La OMS sigue manteniendo sus definiciones  y en base a  ellos los casos acumulados a 12 de febrero de 2020 son 45.171

Actualizando los datos a día 12 de febrero, mezclando los casos obtenidos con una y otra definición nos topamos con ésta artefáctica gráfica.

Tal como venía siendo el número de casos los últimos días, con la definición de caso anterior, se podría estimar que iban a ser en el entorno de los 1800 casos que se podría producir el día 12 de febrero. Acepto que es un atrevimiento decir ésto.
Dado que nos dicen que son unos 15.000, con la nueva definición,  se derivaría de ello un factor de corrección  8, 3 . Estimamos los valores con dicha corrección y obtenemos la curva epidémica. También obtenemos el total de casos acumulados confirmados que se habrían producido con esta definición (380.000).

Veremos si se confirma la tendencia a disminuir que veíamos desde el pasado día 4 de febrero y veremos como influye la vuelta al trabajo de los trabajadores chinos.


12/2/20
Actualización de datos a 11 de febrero. Siguen bajando los casos nuevos (2015) y con ello el % de crecimiento a un 0,85. La OMS decide que el virus causante de este brote se llame Covid-19.




11/2/20
Actualización con datos de los días 9 y 10. El 9 se incrementó el número de casos nuevos confirmados (3062) y el día 10 volvió a disminuir (2467). El porcentaje de crecimiento para el día 9 fue superior a 1  (1,16) y el día 10 fue menor a 1 (0,85).  Las series ofrecen un trazado en sierra que habla de una estabilización del número de casos nuevos confirmados. Se actualiza la tabla.
El Ministerio Chino publica dos datos de acumulados confirmados que parece responder a dos fuentes ¿Cuerpo de Producción y Construcción de Xinjiang y el propio Ministerio? con una pequeña diferencia en los datos. Tomamos los del Ministerio.


Dicen los medios, que las empresas reinician su actividad tras las vacaciones prolongadas como medio de cortar la cadena de transmisión mediante el aislamiento, aunque algunas lo posponen unos días más. Veremos cómo influye ésto en el brote.



9/2/20

Poniendo en contexto
Por ver la dimensión del brote que está sufriendo China por el coronavirus, se me ocurre ver los datos de las campañas de gripe en España. En el informe de vigilancia de la gripe en España en la temporada 2017-2018 del Instituto Carlos III del Mº de Sanidad se aporta datos de esta temporada y las anteriores.
Vemos en esta tabla, que procede de dicho informe, la tasa global de incidencia acumulada de gripe ajustada por edad en la temporada  2017-2018, que fue de 2.313 casos por 100.000h,  y en las campañas desde 2009-2010 hasta 2018-17 osciló entre unos 1.600 a .2700 casos por 100.000h, que suponen de 750.000 a 1.260.000 casos de gripe  por año.
En la temporada 2017-18  la tasa de hospitalización fue 23 por 100.000, es decir 10.800 personas ingresaron en relación con el brote anual de gripe (tabla 7, página 22). Y la tasa de letalidad en casos graves  fue de 17,4% es decir 991 fallecimientos. Datos algo superiores a los de los años anteriores.
Estos datos no nos asustan más allá de la indignación de ver las imágenes de personas en los pasillos de los hospitales en las semanas de mayor incidencia de casos.
Entiendo que China se ha echado a la espalda parar este brote en un momento en que no se sabía cual era el comportamiento del virus y que hasta el momento se puede asimilar a una gripe estacional. Veremos si sigue siendo así. 


Actualización datos
El número de casos confirmados en el día 8 de febrero de 2020 ( 2.630)  ha vuelto disminuir con respecto a los casos del día anterior (3.407) resultando un % porcentaje de crecimiento menor a 1 (0,77). No obstante, al encontrarnos en fin de semana podría suceder lo mismo que hace 15 días en el que un  descenso en el número de casos el domingo día 26 de enero se acompañó de un incremento en el lunes día 27. Hipótesis no contrastada, claro.

Entiendo que esta disminución de los casos podría deberse al importante número de personas confinadas en sus casas. Pero, ¿hasta cuando mantener este confinamiento? ¿Qué sucederá cuando se levante el confinamiento con los que no han tenido contacto con el virus? Habrá un gran número de personas que se habrán recuperado de la enfermedad y otras que no la habrán sufrido, pese al contacto con el virus, que harán de barrera, pero quienes no hayan tenido contacto con el virus serán susceptibles a padecer la enfermedad. Veremos.

He quitado los valores de los días 17 y 18 de enero porque descuadran la gráfica y con ello parece muy diferente de las anteriores, aunque en el fondo, no lo es.



8/2/20
Actualización datos






7/2/20

Veo los datos del Ministerio de Salud chino, y en especial los confirmados a día 6 de febrero, que son 3143, inferiores a los del día 5 (3694) y día 4 (3884). Actualizo tabla y añado nueva gráfica porque me parece muy significativo. Otros actores más importantes que quien escribe ésto también hablan de la disminución de casos:El Director Ejecutivo (del Programa de Emergencias Sanitarias) de la OMS, Michael Ryan, informó que se registró una disminución en el número de nuevos casos de infección del coronavirus 2019-nCoV, cosa que sucede por primera vez desde su aparición informa Reuters.



6/2/2020
Llevo, como muchas personas, varios días siguiendo el brote de 2019-nCoV que viene aquejando, inicialmente y sobre todo a China, y ya a otros veinticinco países.
Vengo pensando si descentrar un poco el blog hablando del brote, pero creo merece la pena.
Bebo de varias fuentes, pero de una especialmente, del Ministerio de Salud de la República de China y de sus actualizaciones diarias de datos. No sé chino, pero con la ayuda del translator de Google, y que los números son los mismos los que se usa en China y los que se usan en occidente, me hace más fácil seguir las actualizaciones.
Tengo una hojita de cálculo en la que voy anotando diariamente los datos y obteniendo una gráficas que me ayudan a saber dónde estamos.
Los datos acumulados de casos confirmados no dejan ver el desarrollo detallado del brote, por ello presento datos de casos confirmados por día.
Por otra parte, calculando el incremento de los casos sobre el día anterior (tasa de crecimiento) nos da pistas de como evoluciona el brote.
En la gráfica de abajo presento dos series con ambas informaciones: Casos diarios desde el 18 de enero de 2020 en que comienza con 17 casos, hasta los 3.694 del día de ayer 5 de febrero de 2020. Datos que de confirmase hablaría de un descenso desde los 3.884 del día anterior.
La tasa de crecimiento venía estando, a partir del día 29 de enero,  entre 1,06 y 1,20 y en el día 5/2/20 se hace inferior a 1  (0,95) coherentemente con la disminución de casos arriba mencionada.



fecha casos confirmados T2/T1
2020.01.17 17
2020.01.18 59 3,47
2020.01.19 77 1,31
2020.01.20 93 1,21
2020.01.21 149 1,60
2020.01.22 131 0,88
2020.01.23 259 1,98
2020.01.24 457 1,76
2020.01.25 688 1,51
2020.01.26 769 1,12
2020.01.27 1771 2,30
2020.01.28 1459 0,82
2020.01.29 1737 1,19
2020.01.30 1981 1,14
2020.01.31 2099 1,06
2020.02.1 2589 1,23
2020.02.2 2825 1,09
2020.02.3 3235 1,15
2020.02.4 3884 1,20
2020.02.5 3694 0,95
2020.02.6 3143 0,85
2020.02.7 3407 1,08
2020.02.8 2630 0,77
2020.02.9 3062 1,16
2020.02.10 2467 0,81
2020.02.11 2015 0,72
2020.02.12 15151 7,52
2020.02.13 4047 0,27
2020.02.14 2641 0,65
2020.02.15 2008 1,76
2020.02.16 2048 1,02
2020.02.17 1888 0,92
2020.02.18 1749 0,93


Otras fuentes a seguir son:
www.promedmail.org
https://en.wikipedia.org/wiki/2019%E2%80%9320_outbreak_of_novel_coronavirus_2019-nCoV
http://virological.org/
CENTRO DE COORDINACIÓN DE ALERTAS Y EMERGENCIAS SANITARIAS (CCAES)

Agencias gubernamentales
CDC,
ECDC,
OMS,

Comentarios

  1. muy bueno el blog, y muy interesante la comparación la gripe anual, que se lleva a más gente, y si quieres incluir, incluye la malaria, sorprende que nadie diga nada. La cuestión es porqué esto acapara mucha más atención que otras cifras, llegando a crear este miedo a lo "chino"...o que nos hagan gastar en vacunas para luego tirar la mitad, como ocurrió con la gripe aviar..

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  2. Yo creo que la prensa no es neutra: cuando peor lo pinté más nos tiene enganchados sus webs. Desde hace 17 días los casos nuevos confirmados están disminuyendo. Solo desde hace 4-5 días veo algún comentario reconociendo ésto.

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